納豆激酶能夠專一溶解血栓，對纖維蛋白原沒有降解活性，大量使用不會引起出血,可以預防和輔助治療以下病癥：腦血栓、腦梗塞、心肌梗塞、血栓后遺癥、血栓靜脈炎、脈管炎等。服用納豆激酶后，血中優球蛋白溶解時間（ELT）顯著延長，纖維蛋白（原）降解產物(FDP)和組織型纖溶酶原激活因子(TPA)明顯增加。在急性心肌梗塞患者搶救過程中，采用靜脈滴注納豆激酶，可以迅速溶解血栓，基本沒有出血危險性。納豆激酶經靜脈滴注直接進入血液循環，或口服后經腸道吸收進入血液循環來直接作用血栓，還可以誘導肝臟或血管內皮產生TPA（納豆激酶本身無TPA抗原性），使生物體自身纖溶酶系統活化，從而溫和、持續地提高血液的纖溶活性，與其它纖溶酶相比,其安全性最高。